Федор родился в 1976 году в Рубежном Луганской области. Когда ему было два года, его семья переехала в Старый Оскол Белгородской области. Боевыми искусствами Фёдор начал заниматься в 11 лет. Его первым тренером был Василий Иванович Гаврилов, обучавший мальчишек самбо и дзюдо. Тренировочный зал секции располагался в бомбоубежище. Спустя год занятий Фёдор перешёл в специальный спортивный класс, собранный Владимиром Михайловичем Вороновым, ставшим впоследствии его постоянным тренером на долгие годы. Тренироваться Фёдор не прекращал и когда поступил в ПТУ. С этого времени он решил заниматься спортом на профессиональном уровне. Будучи целеустремлённым человеком, Фёдор продолжил непрерывные тренировки и во время службы в армии, увеличив мышечную массу за это время более чем на 20 килограммов. После возвращения на «гражданку» в 1997 году Емельяненко стал мастером спорта по самбо и дзюдо, а спустя год получил звание мастера спорта международного класса по самбо.